Dù có sự giúp đỡ của các nhà tài trợ lớn phương Tây, gồm cả Quỹ tiền tệ quốc tế (IMF), Ngân hàng thế giới và Ngân hàng phát triển châu Á, Cộng hoà Kyrgyz vẫn phải đối mặt với những khó khăn về kinh tế từ sau độc lập. Ban đầu, đó là hậu quả của sự tan vỡ khối thương mại Xô viết dẫn tới mất thị trường, cản trở sự chuyển đổi sang nền kinh tế thị trường tự do của nước này. Chính phủ đã giảm chi tiêu, chấm dứt đa số các khoản trợ giá, và đưa ra áp dụng thuế giá trị gia tăng. Nói chung, chính phủ có vẻ kiên quyết chuyển đổi sang một nền kinh tế thị trường. Thông qua biện pháp cải cách và ổn định, chính phủ muốn thiết lập những nền tảng cho một sự phát triển kinh tế lâu dài và bền vững. Các biện pháp cải cách đã giúp Cộng hòa Kyrgyz gia nhập Tổ chức thương mại thế giới (WTO) ngày 20 tháng 12 năm 1998.

Kinh tế Cộng hòa Kyrgyz đã bị ảnh hưởng nặng nề sau sự sụp đổ của Liên bang Xô viết và sự biến mất của một thị trường rộng lớn. Năm 1990, khoảng 98% xuất khẩu Kyrgyz là tới những khu vực khác thuộc Liên bang Xô viết. Vì thế, tình hình nền kinh tế quốc gia đầu những năm 1990 ở đây tồi tệ hơn bất kỳ một nước cộng hòa nào khác thuộc Liên bang Xô viết cũ ngoại trừ các quốc gia bị ảnh hưởng bởi những cuộc chiến tranh: Armenia, Azerbaijan, và Tajikistan, khi các nhà máy, các hợp tác xã nông nghiệp sụp đổ cùng sự biến mất của các thị trường truyền thống. Tuy tình hình kinh tế đã có cải thiện đáng kể trong vài năm qua, và đặc biệt từ năm 1998, nhiều vấn đề vẫn tồn tại như nhu cầu về các khoản thu thích ứng từ thuế và tạo lập được một mạng lưới an sinh xã hội thích hợp.

Nông nghiệp là một lĩnh vực quan trọng của nền kinh tế Cộng hòa Kyrgyz; xem Nông nghiệp Kyrgyzstan. Tới đầu thập niên 1990, lĩnh vực nông nghiệp tư nhân chiếm khoảng một phần ba tới một nửa sản lượng thu hoạch. Năm 2002 nông nghiệp chiếm 35.6% GDP và khoảng một nửa lực lượng lao động. Lãnh thổ Cộng hoà Kyrgyz chủ yếu là đồi núi, thích hợp cho chăn nuôi, hoạt động nông nghiệp lớn nhất, với những sản phẩm chính là len, thịt, và các sản phẩm sữa. Cây trồng chủ chốt gồm lúa mì, củ cải đường, khoai tây, bông, thuốc lá, rau, và quả. Bởi giá nhập khẩu các sản phẩm hóa chất nông nghiệp và dầu mỏ tăng cao, đa số các hoạt động nông nghiệp được thực hiện bằng tay hay bằng sức ngựa, như hàng thế hệ trước. Chế biến sản phẩm nông nghiệp là một yếu tố then chốt của kinh tế công nghiệp, cũng như là một trong những lĩnh vực thu hút đầu tư nước ngoài lớn nhất.

Cộng hoà Kyrgyz sở hữu nhiều nguồn tài nguyên khoáng sản nhưng có trữ lượng dầu mỏ và khí tự nhiên thấp; nước này phải nhập khẩu dầu mỏ và khí gas. Trong số các nguồn tài nguyên khoáng sản có than, vàng, uranium, antimony, và các kim loại hiếm khác. Luyện kim là một ngành công nghiệp quan trọng, và chính phủ hy vọng đây sẽ là lĩnh vực thu hút đầu tư nước ngoài mạnh. Chính phủ đã khuyến khích sự tham gia của các nhà đầu tư nước ngoài vào lĩnh vực khai thác và chế biến vàng. Các nguồn tài nguyên nước phong phú của Cộng hòa Kyrgyz và địa hình đồi núi cho phép nước này sản xuất và xuất khẩu một lượng lớn năng lượng thủy điện.

Ở mức độ địa phương, kinh tế chủ yếu là kinh doanh nhỏ. Một lượng lớn giao dịch thương mại địa phương diễn ra tại các chợ và kiốt ở các làng. Hàng hóa tiêu dùng như khí đốt (nhiên liệu) thường được bán ven đường trong các thùng chứa. Một lượng đáng kể thương mại diễn ra ngoài tầm kiểm soát của nhà nước. Tại các làng hẻo lánh tình trạng thiếu thốn hàng hóa tiêu dùng cũng thường xảy ra. Vì thế phần đông các gia đình đều có khả năng tự cung tự cấp về lương thực. Có sự khác biệt rất lớn giữa kinh tế thành thị và nông thôn.

Các mặt hàng xuất khẩu chính là các loại kim loại màu và khoáng sản, sản phẩm len cùng các sản phẩm nông nghiệp, năng lượng điện, và một số sản phẩm cơ khí. Nhập khẩu gồm dầu mỏ và khí gas, kim loại màu, hóa chất, đa số các loại máy móc, len và các sản phẩm giấy cùng một số loại thực phẩm và vật liệu xây dựng. Các đối tác thương mại chính của nước này là Đức, Nga, và các nước láng giềng Trung Quốc, Kazakhstan và Uzbekistan.

Tính đến năm 2016, GDP của Kyrgyzstan đạt 5.794 USD, đứng thứ 148 thế giới, đứng thứ 41 châu Á và đứng thứ 5 Trung Á.